1911年，辛亥革命爆发，学校改名为南洋大学堂；1912年民国成立后，划归交通部管理，遂更名为交通部上海工业专门学校；1921年上海工业专门学校、唐山工业专门学校、北平铁道管理学校、北平邮电学校合并成立交通大学，于是本校称为交通大学上海学校；1922年，交通大学分设三校，原来上海学校改名交通部南洋大学；1927年，又更名为交通部第一交通大学；1928年，国民政府公布《交通大学组织大纲》，上海、唐山、北平三所学校合称交通大学，本部设在上海。同年划归铁道部管辖。
抗战时期，本校迁入法租界，并于1940年在重庆成立国立交通大学分校；1941年，为防止汪伪政府接管学校，本校以私立南洋大学的名义在上海继续开办；1942年，汪伪政府接管上海学校，于是国民政府教育部改重庆分校为交通大学本部；抗战胜利后，重庆本部复员上海，与上海学校合一，1946恢复国立交通大学校名。
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