本校档案馆保存有清代办学奏折40余件，除大部分为创办人盛宣怀的奏折外，还有商部、邮传部、学部等有关该校的奏折，内容涉及办学的各个方面（凡带＊者均出自中国第一历史档案馆馆藏清代军机处录副档，本校存有粘抄片）。
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1、盛宣怀：筹建南洋公学及达成馆舍片（1897年1月14日）
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2、盛宣怀：筹集商捐开办南洋公学情形折（1898年6月12日）
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3、盛宣怀附奏：南洋公学附设译书院片（1898年6月12日）
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4、盛宣怀附奏：新式各学堂请免岁科两试片（1898年6月12日）
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5、盛宣怀奏：南洋公学推广翻辑政治法律诸书敬陈纲要（1902年1月26日）
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6、盛宣怀附奏：陈明南洋公学士习端正片（1903年9月29日）
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7、盛宣怀附奏：请奖励南洋公学中西各科教习片（1905年4月12日）
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8、邮传部奏：拟聘大员接充上海高等实业学堂监督折（1907年10月14日）
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9、学部奏：为各省高等学堂毕业学生复试及格照章请给奖励折（1911年7月25日）
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10、学部奏：为复试各省高等毕业学生事竣拟就成绩高下将各该学堂管理员、
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教员分别举劾以资劝惩折（1911年8月12日）
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